L'Église néo-apostolique a ses racines au XIXe siècle. Vers 1830, des individus et des groupes d'Angleterre et d'Ecosse commencèrent à prier pour une "effusion du Saint-Esprit". Depuis l'année 1987, il existe également des communautés au Niger. Aujourd'hui, plus de 3.500 habitants du Niger se confessent à l'Eglise néo-apostolique.

L'apôtre Paul Hepp, originaire du sud de l'Allemagne, reçoit la mission de faire connaître l'Eglise néo-apostolique au Niger et fonde les premières communautés en 1987. Dans les années 1990, l'apôtre Wolfgang Zencker prend le relais et fait construire de nombreux bâtiments d'église avec des locaux annexes.

Au début des années 2000, l'apôtre Heinz Kreutzberger devient responsable de ce pays. En 2007, l'apôtre Louis Mendy est ordonné comme premier apôtre africain pour le pays du Niger. Il est suivi en 2017 par l'apôtre Fimba Lompo, qui est assisté dans le travail des communautés par l'apôtre Gert Opdenplatz.